基金手續費在買賣的金額中扣除，場外基金手續費包括申購費、贖回費和運作費，申購費在基金買入時收取，各基金申購收費標準不同（一般買入金額越大手續費越便宜，封頂一筆為1000元），贖回費在基金賣出時收取，贖回費根據基金持有時間長短而不同，持有時間越長贖回費越便宜，甚至為0。

運作費包括管理費、托管費、銷售服務費，運作費是按日計提，按月支付，不單獨向投資者收取。