1、交易場所不同：北交所在北京證券交易所交易；而滬市在上海交易所交易，深市在深圳交易所交易。

2、上市企業不同：北交所上市的企業主要是一些中小型科技企業；而滬深交易所主板的企業主要是一些成熟的企業。

3、交易規則不同：北交所實行T+1交易，股票漲跌幅限制為30%，新股上市首日不設漲跌幅限制，但設有臨時停牌機制，上市漲跌幅達到30%和60%時各停牌10分鐘。滬深兩市實行T+1交易，滬深兩市股票漲跌幅限制為10%，創業板和科創板股票漲跌幅限制為20%，滬市新股上市首日漲跌幅達到規定的限制，停牌30分鐘，深市新股上市首日盤中漲幅與開盤漲幅之差首次達到10%時，交易所對其實施臨時停牌30分鐘，創業板和科創板新股上市盤中漲幅與開盤漲幅之差首次達到30%，停牌10分鐘，復牌后漲跌到60%的，再停10分鐘，不過停牌的時間不管多長，都要在14:57復牌。