在股票市場中，滬港通和深港通的定義不同、互聯互通的雙方不同、標的不同等等。

滬港通是指上海證券交易所和香港聯合交易所允許兩地投資者通過當地證券公司（或經紀商）買賣規定范圍內的對方交易所上市的股票，是滬港股票市場交易互聯互通機制。而深港通指的是深圳證券交易所和香港聯合交易所有限公司建立技術連接，使內地和香港投資者可以通過當地證券公司或經紀商買賣規定范圍內的對方交易所上市的股票，屬于深港股票市場交易互聯互通機制。

雖然，滬港通和深港通的港股通是市值50億港幣以上的恒生綜合小型股指數成份股，但最大的區別在于深市有中小板和創業板，深市的成長股是滬港通和港股市場的補充。深港通與滬港通對比，深港通的標的就不局限于AH股同時上市，而還包含深市成份股，由于深市成份股與滬市有很大區別，這會使香港市場的投資范圍擴大。